净化空调系统的空调箱内壁材料应不易产生灰尘并耐腐蚀，生物净化空调系统所用的空调箱内壁要可以消毒。

净化空调系统空调箱功能段数要多于普通空调系统，而且维护保养的要求也比较高，例如初、中效过滤器要经常更换，空调箱内壁要清洁、消毒，所以空调箱的长度也比普通空调系统的空调箱长。为了节省空调机房的面积，在满足使用功能的前提下，应尽可能使结构紧凑。

净化空调系统中化学过滤器应根据生产过程中所产生废气的性质和废气的量来确定化学过滤的种类，防止洁净空气循环次数多而使废气的浓度越来越高。洁净空调箱在新风入口段是否要设置化学过滤器，要根据工程所在地的大气环境来决定。如电子厂房设置在海边，海水蒸发会使空气中的氯、钠离子数量增加。若不作处理，离子进入洁净室会对产品造成影响，就应该在新风入口处设置化学过滤器。

净化空调系统选用空调箱风机时要考虑到净化空调系统的风阻力比一般空调系统要大，因为有初、中、高效三级过滤而且阻力变化也很大。初、中、高效三级过滤器从初阻力一直到终阻力的阻力叠加数值占整个净化空调系统总阻力的比例很大，因此空调箱应该选用变频风机，这里选用变频风机不是为了改变洁净系统的送风量，而是为了适应初、中、高效过滤器的阻力变化。全新风净化空调系统中，若因工艺发生变化造成排风量的变化，为了保持室内的正压值不变，可以通过送风机的变频来相应改变送风量。

空调箱表冷器进出水水温的确定取决于净化空调系统的送风状态的温湿度参数。由于生产工艺对室内温湿度的要求不同，再加上净化空调系统的送风量往往不是由负荷大小来决定而是根据洁净度级别来决定的，送风量大送风温差就小，洁净室内的温度基数低送风温度就低。根据一般经验，表冷器的进水温度要比送风状态温度低3～6℃，表冷器的出水温度要比送风状态温度低0.5～1℃，这完全取决于洁净室内的设计温度基数和冷媒水进表冷器的温度（一般就是6～7℃）以及表冷器性能的各个参数，如接触系数、表冷器的排数、析湿系数、传热系数、水流速、换热效率系数等。