对于药厂设计来说，实验动物房设置空调净化系统的目的是维持室内温、湿度要求和保证室内空气质量。由于实验动物房内允许的相对湿度变化范围较大，多数实验动物房在一般情况下都能满足要求。因此，大部分地区的实验动物房可以不考虑湿度控制设备。但在我国北方地区，冬季室外空气的含湿量较低，如无加湿装置则可能满足不了室内相对湿度的要求，需要在空调系统中设置干蒸汽加湿器或其他型式的加湿装置。由于控湿费用较高，国内多数单位不单独考虑控湿问题，而是通过日常的运行管理，使实验动物房的室内相对湿度维持在一定的范围之内。如实验动物房的日常清洗，擦拭可以形成较大的散湿面积及散湿量。此外，实验动物的正常生理活动也有一定量的产湿，如动物的小便等。这些产湿量可以改善室内的相对湿度，使实验动物房满足对湿度的要求。

在药厂设计中，保持室内空气质量是实验动物房空调净化系统的一个主要任务。洁净度的控制可从三个方面着手:

1）污染源控制减少污染物发散量；

2）通风控制:利用干净的空气稀释室内污染物的浓度；

3）净化控制:滤除空气中的污染物质。

实验动物房需要控制的污染物主要是微生物及动物新陈代谢的产物等，它们来自动物本身。因此，对污染源的控制只能在一定范围内起作用。所以实验动物房的洁净度控制应主要从通风控制和净化控制考虑。

实验动物房的空气过滤系统，一般采用粗效、中效、高效三级过滤。过滤器一般不采用木框架。因为木框架经不起消毒，而且，易吸潮滋生细菌。过滤器的安装方式、设计及施工应便于消毒和更新，而且，应保证其密封性。排风系统应格外注意排风口出风方向及位置，并宜安装过滤器以防止室外空气倒灌。为了减少对大气的污染，排风需要进行脱臭处理。污染区的排风除根据情况选用中效过滤器或高效过滤器（HEPA）处理外，还应根据其危害程度采用杀菌灯高温灭菌装置或活性炭过滤器等双重或三重措施。由于实验动物房内的污染物会腐蚀排风或回风道，因此，风道材料宜选用玻璃钢、聚氯乙烯板或其他防腐材料，而不宜选用金属材料。

在药厂设计中，当实验动物设施采用屏障系统时，空调净化系统的末端过滤器原则上应选用高效过滤器（HEPA）。实验动物可能要在屏障系统中连续饲养几年。即使在高效过滤器前设置粗、中效过滤器，高效过滤器的寿命仍有可能短于饲养时间。因此，应设计备用过滤器装置和相应的连接管道，以便在饲养过程中通过切换方式来替换达到终阻力的高效空气过滤器。

在药厂设计中，当实验动物设施采用亚屏障系统时，其空调系统与实验动物设施采用屏障系统的空调净化系统没有明显的区别。只是采用亚屏障系统时，其空调净化系统的末级过滤器的效率可适当降低，如采用亚高效或高中效空气过滤器。

在药厂设计中，当实验动物设施采用开放系统时，允许使用风机盘管处理回风。但再循环送风方式不仅容易滋生微生物，而且，会导致臭气的传播，使用效果不理想。