制药洁净室车间一般由生产部分（一般生产区及洁净区）、辅助生产部分、行政一生活部分和通道四部分组成。对于制剂车间:

辅助生产部分包括物料净化用室、原辅料外包装洁净室、包装材料洁净室、灭菌室；称量室配料室、设备容器具洁净室、清洁工具洗涤存放室、洁净工作服洗涤干燥室；动力室（真空泵和压缩机室）、配电室、分析化验室、维修保养室、通风空调室、冷冻机室、原料、辅料和成品仓库等。

行政一生活部分由人员净化用室（包括雨具存放间、管理间、换鞋室、存外衣室、盥洗室、洁净工作服室、空气吹淋室等）和生活用室（包括办公室、会议室、厕所、淋浴室与休息室，保健室和吸烟室等）组成。