送入药厂洁净室（区）的空气要与药厂洁净室（区）的洁净等级、温度和湿度相适应，因此，空气不仅要经过一系列的净化处理，而且要经过加热、冷却或加湿、去湿处理。下图是典型的净化空调系统流程示意图。

上图所示的流程采用了一级初效、二级中效和三级高效过滤器，可用于任何洁净等级的洁净室。净化空调系统的初效和中效过滤器一般集中布置在空调机房，而三级高效过滤器常布置在净化空调系统的末端，如洁净室的顶棚上，以防送入洁净室的洁净空气再次受到污染。若洁净室的洁净等级低于D级，则净化空调系统中可不设高效过滤器。若洁净室内存在易燃易爆气体或粉尘，则净化空调系统不能采用回风，以防易燃易爆物质的积聚。

许多药物生产所用的洁净室均要设置独立的空调净化系统，如避孕药物、β-内酰胺类药物（青霉素类药物）、激素类药物和放射性药物等。

青霉素类等高致敏性药物所用空调净化系统的排风口应远离其他空气净化系统的进风口，并安装高效过滤器，使排出气体中无残留的青霉素类药物，以免对环境造成污染。

激素等对人体有严重危害的药物，净化空调系统的循环送风应经过初效、中效和高效三级过滤器，其目的并非为了控制室内粉尘的粒度，而是为了滤除循环空气中的有害药物粉尘，以减少对工作人员健康的危害。

放射性药物生产区排出的空气不能循环使用，排气应符合国家关于辐射防护的有关要求和规定，其中不应含有放射性微粒，以免对环境造成污染。

干燥、称重和包装工序的成品，均处于敞口状态，送风口和回风口的位置很重要，一般以顶部或侧面送风，下侧回风方式为好，以免粉尘飞扬。粉碎、过筛工序会产生大量粉尘，致使车间内部无法控制粉尘粒度，此时仅需控制温度和湿度，给工作人员一个舒适的环境。