化学制药厂排出的污染物通常具有毒性、刺激性和腐蚀性，这也是制药工业污染的共同特征。此外，制药厂的污染物还具有组分多、数量大、间歇排放、pH不稳定、化学需氧量（COD）高等特点。这些特点与防治措施的选择有直接的关系。

一、组分多、相对量大

制药厂对环境的污染主要来自于原料药的生产。虽然原料药的生产规模通常较小，但排出的污染物的数量相对较大；且化学原料药的生产具有反应多而复杂、工艺路线较长等特点，因此所用原辅材料的种类较多，反应形成的副产物也多，有的副产物甚至连结构都难以搞清，这给污染的综合治理带来了很大的困难。

二、间歇排放

由于药品生产的规模通常较小，因此化学制药厂大多采用间歇式生产方式，污染物的排放自然也是间歇性的。间歇排放是一种短时间内高浓度的集中排放，而且污染物的排放量、浓度、瞬时差异都缺乏规律性，这给环境带来的危害要比连续排放严重得多。此外，间歇排放也给污染的治理带来了不少困难。如生物处理法要求流入废水的水质、水量比较均匀，若变动过大，会抑制微生物的生长，导致处理效果显著下降。

三、pH不稳定

化学制药厂排放的废水，有时呈强酸性，有时呈强碱性，pH很不稳定，对水生生物、构筑物和农作物都有极大的危害。在生物处理或排放之前必须进行中和处理，以免影响处理效果或者造成环境污染。

四、化学需氧量高

化学制药厂产生的污染物一般以有机污染物为主，其中有些有机物能被微生物降解，而有些则难以被微生物降解。因此，一些废水的化学需氧量很高，但生化需氧量却不一定很高。对于那些浓度高而又不易被生物氧化的废水要另行处理，如萃取、焚烧等。否则，经生物处理后，出水中的化学需氧量仍会高于排放标准。