生物洁净室和工业洁净室的不同之处在于：生物洁净室不仅依靠空气过滤的方法，使送入室内空气中的生物或非生物的微粒数量受到严格控制，同时还要对室内器具、地面、壁板等表面进行消毒灭菌处理。为此，生物洁净室除了满足一般洁净室要求外，其内部材料还要能经受得起各种灭菌剂的侵蚀。通过高效过滤器过滤的空气可视为无菌空气，但过滤仅是一种除菌手段，并没有杀菌作用。由于室内有人员、物料等污染源存在，洁净室内只要有微生物所需要的营养源存在，在适宜的温湿度条件下，就会使微生物大量生存、繁殖。因此，生物洁净室的运行管理决不可忽视消毒灭菌措施。

1.无菌制剂操作室的清扫灭菌

无菌室室内设备、器具、传递窗及更衣室的清洗最好采用水洗，应定期对壁板及各表面进行消毒，对所使用的消毒液应定期更换，以防细菌产生抗药性而影响灭菌效果。也可采用紫外线灯或臭氧进行消毒（要在非工作时间室内无人时进行），对典型部位应增加灭菌次数。

2.非无菌制剂室的清扫灭菌

非无菌制剂洁净室（如固体制剂生产车间）的清扫，分为日常清扫和生产完毕的清场清扫。对墙面、顶棚及设备外表面均可采用不掉纤维的抹布擦拭，地面可采用半干拖布擦拭。可用紫外线灯或臭氧进行灭菌（要在非工作时间、车间内无人时进行），应定期用酒精擦拭顶棚和墙壁。