洁净手术室在使用过程中，应保持一个封闭环境，其门、传递窗等均应关闭。现在有些洁净手术室在使用时开着门，这显然是不允许的。究其原因是因为新风量不足，医护人员感到气闷。对此情况，应当从系统上查找原因，通过运行调节改善新风供应。

在洁净手术室工作的人员，其活动不要过于激烈，防止衣着鞋帽等纤维质材料过多的脱落，造成室内洁净度的超标。一般来说无论是医生还是护士都应当有较为固定的活动范围及活动路线。做清洁的操作可在送风侧进行；做不清洁的、有污染的操作，可在回风口附近进行。

所有进入洁净手术室的物品均需清洁、消毒，个人物品及未按规定清洁、消毒的物品不准带入洁净手术室内。洁净室使用器具的选用及摆放位置也应当考虑洁净因素，所有器具的摆放都不应将回风口挡住。手术用的器具、敷料等应预先消毒，进入洁净手术室后放入器械柜内，手术前才能打开，尽量减少与空气接触。

人流通道及物流通道应各尽其用，应利用传递窗进行物品的传递。特别是污物，要通过污物传递窗直接进入污物走廊，以免污染洁净区。

应组建洁净手术室的医院感染控制小组，由手术部主任、麻醉医师、护士长和护士等相关人员组成，全面负责手术室感染监控工作。应安排一名洁净手术部专职管理护士，对进洁净手术部的人员要进行经常性监督，检查手术室消毒隔离措施及手术人员的无菌技术操作，对违反操作规程或可疑污染环节应及时纠正，并采取有效的防范措施。指导工作人员对洁净手术室进行维护、管理和清扫。

洁净手术室净化空调系统的运行程序:通常是术前0.5～1h开启净化空调系统，并开至低速运行状态，术前15～30min将系统调至正常运行状态，术毕再调回低速运行状态，进行室内卫生清洁工作。若净化空调系统支持，在进行室内卫生清洁工作时，应直流通风换气，以便迅速排除室内污染。若洁净手术室长时间未使用，在使用前除做好风口、壁板、地面等处的清洁、消毒工作外，还应适当提前开启净化空调系统。应急洁净手术室及其辅助设施，净化空调系统应24h连续低速运行，以满足急诊手术的使用和空气洁净度的要求。若采用臭氧对洁净手术室及净化空调系统进行消毒，应关闭新风阀及排风阀，以保证消毒效果。臭氧消毒过程中，洁净手术室内不得有人员停留，以防损害人的呼吸系统（因为臭氧具有强氧化性，当人体吸入后，能够迅速地转化为活性很强的自由基，引起上呼吸道的炎症病变）。同时，应做好有关精密仪器、仪表的保护工作，以防臭氧对其电路板产生腐蚀。