微生物是无所不在的物种，对于净化车间设计来说，必须考虑怎么处理大气中的微生物,微生物悬浮于空气中可形成各种各样的微生物气溶胶,微生物的种类达数十万种,空气中的微生物主要来源于土壤、江河湖海、动物、植物和人体。空气中的花粉、孢子和某些细菌来源于植物,在围场小麦上方空气细菌浓度可达6500CFU/m3,有人报道植物表层的病毒可由风力吹走或借助其他外力进人空气,动物极易污染环境造成许多传染病的流行,71%的狗带金黄色葡萄球菌,牛和羊可从胃排出大量微生物;人类是许多场合特别是公共场所空气微生物的重要来源,一个正常人在静止状态下每分钟可向空气排放500~1500个菌粒,人在活动时每分钟将向空气中排放菌粒多达数千至数万,每次咳嗽或打喷嚏可排放高达104~106个带菌粒子;许多空气中微生物来源于各种类型的生产活动,农业、林业、畜牧业和工业生产中都将造成空气微生物污染,在工业生产的发酵、制药、食品、制革等生产中都会造成空气微生物污染;自然界中均有大量的微生物,在诸如人力、风力、水力等的作用下形成大量微生物释放入大气中。

大气中的自然微生物主要是外病原性的腐生菌,据报道各种球菌占66%,芽孢菌占25%,还有真菌、放线菌、病毒、蕨类孢子、花粉、微球藻类、原虫及少量厌氧芽孢菌等。在种种不同场所的大气中的微生物差异很大,在人员集中的公共场所、在病人集中的医院、在某些工业产品的生产车间,除了存在着各种自然微生物外,还因特定条件存在着各种特有微生物。如医院就有细菌类微生物约160多种,如结核杆菌、肠杆菌、沙门菌、葡萄球菌等;真菌类微生物约600多种,如隐球菌、曲霉和青霉、毛霉等,病毒类微生物数百种,如鼻病毒、腺病毒、流感、风疹病毒等;还会有支原体、衣原体、立克次体等微生物。不同医院空气中的微生物含量及种类也不相同,它与医院内病人带菌情况直接相关。

大气中微生物的多少是空气质量的重要标志之一,近年来国内外较为重视空气微生物及其污染问题的研究,这将对于洁净厂房中防止微生物污染采取必要技术措施是十分有利的。