一、按用途分类

（1）工业洁净室——以无生命微粒的控制为对象。主要控制无生命微粒对工作对象的污染，其内部一般保持正压。它适用于精密工业（精密轴承等）、电子工业（集成电路等）宇航工业（高可靠性）、化学工业（高纯度原子能工业（高纯度、高精度、防污染）、印刷工业（制版、油墨、防污染）和照相工业（胶片制版）等部门。

（2）生物洁净室——以有生命微粒的控制为对象，又可分为:

①一般生物洁净室，主要控制有生命微粒对工作对象的污染。同时其内部材料要能经受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保持正压。实质上这是一种结构和材料允许作灭菌处理的工业洁净室，可用于食品工业（防止变质、生霉）、制药工业（高纯度、无菌制剂）、医疗设施（手术室、各种制剂室、调剂室）动物实验设施（无菌动物饲育）和研究实验设施（理化、洁净实验室）等部门。

②生物学安全洁净室，主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染，内部保持负压，用于研究实验设施（细菌学生物学洁净实验室）和生物工程（重组基因、疫苗制备）。

根据上述分类可以清楚地看出，工业洁净室和生物洁净室都要应用清除空气中微粒的原理，因此本质上它们是一样的。略微不同的是，对子附着子表面上的微粒，工业洁净室一般用擦净的办法就可以大大减少表面上的微粒数量，而生物洁净室因为是针对有生命微粒，而一般的擦洗可能给有生命微粒带来水分和营养，反而能促进其繁殖，增长其数量。因此，对生物洁净室来说，必须用表面消毒的办法（用消毒液擦拭）来取代一般的擦拭认识这一点不同，就知道对于药厂的生物洁净室来说，在日常管理措施上不致于认为有了洁净室就万事大吉了。

二、按气流流型分类

气流流型就是气流轨迹的形式。按此可作以下分类:

（1）单向流洁净室

在整个洁净室工作区（一般定义为距地1.5～07m的空间）的横截面上通过的气流为单向流。

单向流，就是流向单一、速度均匀、没有涡流的气流流动。过去也曾称为层流。

（2）非单向流洁净室（也称乱流洁净室）

在整个洁净室工作区的横截面上通过的气流为非单向流。

非单向流（乱流），就是方向多变、速度不均、有涡流的气流流动，习惯称乱流。

（3）辐流洁净室

在整个洁净室的纵断面上通过的气流为辐流。

辐流，就是风口出流为辐射状不交叉的气流流动。辐流也被称为矢流、径流

4）混合流洁净室

在整个洁净室内既有乱流又有单向流。

混合流，就是同时独立存在乱流和单向流两种不应互扰的气流流动的总称

混合流不是一种独立的气流流型。