在食品工厂设计装修中，洁净室净化空调系统通过对空气的过滤处理，从而保证了所需要的洁净度。生物洁净室需要同时控制室内的尘埃粒子数及浮游菌和沉降菌，如果不采取必要的消毒措施，仅仅通过净化空调系统的三级过滤处理，将难以长期控制室内的微生物数。

洁净室净化空调系统的二次微生物污染问题越来越受到广泛的重视，空调处理装置在运行中必然积累细菌和尘埃，一旦系统停止运行，高温和高湿的环境将为微生物的繁殖提供很有利的条件，大量繁殖的微生物及其释放出的有害物质、有害代谢物、尸体和碎片等很大一部分是过滤器无法阻挡的，这将造成微生物的二次污染。

同样在洁净室内由于人员的活动、物品的出入，净化空调系统也不可能完全将所有的尘埃和微生物都带出洁净室，一部分微生物将会在洁净室内继续繁殖，造成污染。

而对于生物安全洁净室而言，由于研究对象的高度危险性，防止实验室内的工作人员和实验室外的环境受到污染是一切工作的重点，净化空调系统必须具有相应的消毒措施，才能保证操作维护人员的安全。

因此，净化空调系统和洁净室必须采取妥善的消毒措施和方法，才能保证生物洁净室和生物安全洁净室达到使用要求。

传统的生物洁净室通常采用化学试剂消毒，这种方法药味大，难以自然排出，需要空调长时间置换新风。同时也存在二次污染的问题，剩余的药物直接排入大气，造成对周围环境的污染。如甲醛熏蒸，操作麻烦，熏蒸时间长，有二次污染物，对人体有一定的危害。做一次甲熏蒸需8个小时，残留物附着洁净的墙壁上和设备的表面上，需要擦除。在消毒后的几天内，其悬浮粒子数会增加，对高效过滤器有一定的损伤。更重要是的是这样的消毒、灭菌方式难以对空气处理装置、排风高效过滤器（高等级生物安全洁净室要求）和风管进行消毒。

近年来臭氧（O3）消毒法越来越多的得到了应用。科学研究表明，臭氧具有强烈的杀菌作用，臭氧在常温、常压下分子结构不稳定，很快自行分解成氧气（O2）和单个氧原子（O）；后者具有很强的氧化性，对细菌有极强的氧化作用，臭氧氧化分解了细菌内部氧化葡萄糖所必须的酶，从而破坏其细胞膜，将它杀死，多余的氧原子则会自行重新结合成为普通氧原子（O2），不存在任何有毒残留物，故称无污染消毒剂，它不但对各种细菌（包括肝炎病毒，大肠杆菌，绿浓杆菌及杂菌等）有极强的杀灭能力，而且对杀死霉素也很有效。臭氧水比臭氧气体具有更强的氧化能力，对细菌、孢囊、芽孢菌、病毒等有更强的杀灭能力，杀菌速度比氯快200～3000倍，甚至几秒钟内可以致死细菌。对单细胞的藻类植物杀灭更快。很多研究和验证表明了其强大的杀菌能力。

臭氧消毒的特点为:

（1）较高的扩散性：臭氧为气体，扩散性好，无死角，浓度分布均匀。

（2）杀菌能力强：臭氧杀菌能力与过氧乙酸相当，高于其它消毒剂。

（3）广谱性：适合多种致病微生物，对大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌及甲乙型肝炎病毒、真菌等多种微生物均有很好的杀灭作用。

（4）原料易得：臭氧制备是利用我们周围的大气制取，不需储藏设施，节省原料储存所需的占地面积。

（5）环保性：臭氧能快速分解成氧气和单原子氧，单原子氧又可自身结合成氧分子，故没有二次污染的问题。被公认为是绿色消毒剂。

臭氧的杀菌效果在湿度为50-80％条件下效果最理想，这主要是病毒、细菌在高湿条件下细胞壁较疏松，易被臭氧穿透杀灭，在湿度低于30％时效果较差，所以在使用中应特别注意。根据《消毒技术规范》及实际应用经验，三十万级取2.55ppm（5mg/m3），万级取5ppm（10mg/m3），万级取15ppm（30mg/m3）、百级取20ppm（40mg/m3）。当然在使用中应根据洁净室实际使用情况决定臭氧的浓度，并作相应的验证工作。计算实际臭氧消毒体积时，应包括三部分V＝V1＋V2＋V3，V1洁净区空间体积，V2空气净化系统体积，V3补充新风量造成臭氧损失的有效体积，实际计算过程中V3等于循环系统总风量的1.1％。