洁净室的压力控制是维持整个洁净手术部空气的压力梯度，保证空气从高洁净度区域向低洁净度区域有序渗透的关键。这种空气在洁净手术部内部的有序渗透过于确保各洁净场所的洁净度来讲是必不可缺的重要环节。

整个洁净手术部的压力控制是由自动控制系统对室内送风量、回风量和排风量的监控及调节完成的。当高洁净度房间的送风量大于排风量和回风量之和时室内呈正压，高洁净度房间室内空气会经过房间门缝等缝隙向低洁净度区域渗透，这样可以抵御低洁净度区域空气中的菌尘粒子侵入，这是正常的运行工况。如果高洁净度房间与低洁净区域之前的压差由于某种原因降低，此时抵御菌尘粒子侵入的能力也随之降低甚至消失。若二者之间产生了负压差则会造成菌尘粒子的渗入，这是绝对不允许出现的恶劣工况。此时控制系统会发生声光报警，必须紧急调速送风量、回风量、排风量三者之间的关系，直至恢复所需的压差。

对于运行管理人员来说， 应当随时认真观察整个洁净手术部各房间的室内压力梯度状态,对不正常的压力状态应该及时找出原因予以调整。