清洗过程中加入杀菌剂可大幅度提高清洗效率。为了保持果蔬清洗后仍具有良好的价值及避免杀菌剂成分的残留或与其他有机物反应生成有害的副产物引起果蔬清洗所带来的“二次污染”，因此，选择果蔬清洗杀菌剂必须考虑以下因素。

（1）对主要病原菌（细菌、真菌、酵母菌）具有杀菌作用 常见的病原菌如李斯特菌、金黄色葡萄球菌及大肠杆菌等，果蔬清洗杀菌剂应对其具有杀菌作用。

（2）安全性高 许多具有很强杀菌力的杀菌剂（如季铵盐等）并不适用于果蔬清洗，容易造成食品“二次污染”，如致癌问题等，因此不得用于果蔬清洗。

（3）不与食品中化学成分发生反应 由于果蔬原料富含各种有机物，因此所选杀菌剂不能与有机物反应而失效，造成无法达到有效的清洗消毒的目的。

（4）无有害物质残留 选用的除了要方便使用外，最重要的是要方便去除，不能残留或有些杀菌剂会与有机物生成卤化物形式的有害物质残留，产生食品安全问题。

（5）不能影响产品原有的品质 所选的杀菌剂除了能有效降低微生物危害外，不得使产品的组织、色泽及风味产生变化，影响产品原有的品质。