对于药厂设计来说，单层厂房的高度是指地面至屋架（屋面梁）下弦的高度。在一般情况下，单层厂房屋架下弦底面至地面的高度与柱顶距地面的高度基本相等。所以，常以柱顶标高来衡量厂房的高度。当然，如果药厂厂房柱子支承的是下沉式屋架，那么，单层厂房的高度就是指屋架下弦底面至地面的高度。柱子长度仍满足模数协调标准的要求。柱顶标高通常是按最大生产设备在使用、安装和检修时所需的净空间高度来确定的。同时，药厂厂房高度还必须满足采光和通风的要求。并且，柱顶标高应符合扩大模数3M数列的要求。一般厂房柱顶标高不小于3.90m。《厂房建筑模数协调标准》中规定，钢筋混凝土结构的柱顶标高，应按3M数列确定，牛腿标高也按3M数列确定。柱子埋入地下部分也需满足模数化要求。

在平行多跨厂房中，由于各跨设备不同，各跨在确定柱顶标高后，可能出现平行不等高跨。这样，在高低跨度之间需增设牛腿墙梁、女儿墙、泛水等，使构件类型增多，结构和构造复杂，施工麻烦。若两跨间相差不大时，可将低跨标高升至高跨的标高。这样，虽然增加了材料，但使结构、构造简单，施工简化，还是比较经济的。规范规定:“在工艺有高低要求的多跨厂房中，当高差值不大于1.2m时，不宜设置高度差。在不采暖的多跨厂房中高度一侧仅有一个低跨，且高差不大于1.8m时，也不宜设置高度差。”所以，剖面设计中应尽可能采用平行等高跨。

确定药厂厂房高度时，应在满足生产要求的前提下充分利用空间，使柱顶标高降低。利用屋架与屋架之间的空间，利用屋顶空间可起到缩短柱子长度的作用。利用地下空间亦可起到缩短柱子长度的作用。

在药厂设计中，单层厂房室内地面的标高，由厂区总面积设计确定。为防止雨水浸入室内，室外标高应低于室内标高。室内外高差宜小，一般为100～150mm为便于车间大门通行汽车等运输工具，应在大门设置坡道，其坡度不宜过大。

对于洁净厂房而言，不论是多层或单层其室内地面的标高应高出室外地坪0.5～1.5m。如有地下室可充分利用，将冷热管、动力设备、冷库等优先布置在地下室内。生产车间的层高为2.8～3.5m，技术夹层净高1.2～2.2m，库房层高4.5～6m（因为采用高架库），一般办公室、值班室高度为2.6～32m。洁净厂房的技术夹层用于送、回风管的敷设和其他管线的暗敷，其结构尺寸应满足风道、管线的安装、检修和防火要求。