由于医药洁净厂房在建筑设计上要考虑密闭和安装净化空调系统的要求，因此，与一般的工业厂房相比，医药洁净厂房在布置和构造上有许多自身的特点。医药洁净厂房通常是无窗的，有外窗的也多为不可开启的双层密封窗。无窗厂房发生火灾时不易被外界发现，故其消防问题尤为突出。医药洁净厂房的出入口较少，这给火灾时的人员疏散和消防人员进出带来了困难。火灾发生后，保温及装修材料会产生大量的毒气和浓烟，加之医药洁净厂房的封闭式结构，对人员疏散和灭火抢救十分不利。此外，医药洁净厂房中的空调风管密布，洁净室之间通过风管相通，若火灾发生时仍继续回风，则风管将成为火及烟的主要扩散通道。

由于医药洁净厂房存在许多不利于防火防爆的因素，一旦发生火灾，往往会造成严重损失。因此，有洁净度要求的厂房更应重视防火防爆问题。

首先，医药洁净厂房的耐火等级不能低于二级，厂房的层数和占地面积必须符合相关规定。其次，无窗的医药洁净厂房应在适当位置设置门或窗，以备车间工作人员疏散和消防人员进出医药洁净厂房的每一层、每一防火分区或每一洁净区的安全出口均不能少于两个，且安全出口至最远工作点的距离必须符合相关规定。第三，医药洁净厂房内的建筑材料应选用非燃烧或难燃烧材料，以提高整个医药洁净厂房的防火性能。例如，各种技术竖井的井壁应选用耐火极限不低于1h的非燃烧体；吊顶材料应选用耐火极限不低于0.25h的非燃烧体或难燃烧体；隔墙材料应选用耐火极限大于0.5h的非燃烧。第四，净化空调系统及其附属设施应符合建筑防火的要求。例如，空气过滤器应适应建筑防火的要求，其安装骨架应采用非燃烧体；各种风管的保温材料、消声材料和密封材料应采用非燃烧或难燃烧材料。第五，应防止风管或孔道成为火及烟的扩散通道。例如，穿过楼板或防火墙的风管，其内应设置温感或烟感的防火阀；穿过楼板或隔墙的管道，其周围空隙应做严格的防火密封处理。