一、病毒类疫苗的生产方法

不同病毒类疫苗的制备工艺各异，但主要程序相似，图1为一般病毒类疫苗的制备工艺流程。

二、细菌类疫苗和类毒素的生产方法

细菌类疫苗和类毒素的制造虽均由细菌培养开始，但前者是用菌体作为进一步加工的对象，而后者则对细菌所分泌的外毒素进行加工。不同的菌苗，其制备工艺不尽相同，然而其主要程序相似。

三、疫苗的分离纯化

目前广泛使用和研发的疫苗（尤其是基因工程疫苗）本质上多为蛋白质，具备一般蛋白质的性质，分离纯化与蛋白质的分离纯化具有相同之处。但与一般蛋白质相比，疫苗的普及率高、用量大，且使用对象多为婴幼儿和儿童，其分离纯化相应要求更高。尤其是很多疫苗（如乙肝表面抗原）由多聚亚基组成，其免疫原性大于各单个亚基免疫原性之和，分离纯化过程更为复杂。蛋白质疫苗和一般基因工程蛋白质的最大不同在于其分子质量往往高达几十万道尔顿甚至数百万道尔顿。因而，疫苗的分离纯化和一般蛋白质相比又具有不同之处，并针对不同的疫苗制品选用不同的分离纯化路线。但一般都包括两个基本阶段:初级分离和精制纯化。初级分离阶段的主要任务是分离细胞和培养液，破碎细胞释放产物（如果产物在细胞内），浓缩产物和去除大部分杂质等。选用的分离方法包括细胞破碎技术、离心沉降和各种沉淀方法等。精制纯化阶段则选用各种具有高分辨率的技术以使产物和少量干扰杂质尽可能分开，达到所需的质量标准。超速离心技术和各种层析技术成为当前达到此目的的主要方法。

为获得免疫原性好、保护性强、毒副作用小的疫苗，早期的纯化工艺依据物质的分子量、密度和表面电荷的不同来分离疫苗，往往以密度梯度离心为主，辅之以超滤、沉淀等技术，如我国乙肝表面抗原和狂犬病疫苗的生产。用该工艺制备的疫苗纯度和性状能符合要求，不足之处是抗原回收率不高、操作繁琐且周期长、技术设备要求高，已逐渐为日臻成熟的层析技术所代替，在基因工程疫苗的研制中尤为如此。一般，传统的离心、过滤和沉淀技术更多只是作为整个疫苗分离纯化工艺的起始步骤，用于初步分离过程，层析技术与沉淀、离心等传统分离技术的结合已逐渐成为疫苗分离纯化的主流。