对于药厂来说，用于制药的水是必须要经过消毒和灭菌的，下面笔者就谈下药厂车间设计之制药用水系统的消毒和灭菌。

（1）巴斯德消毒（简称巴氏消毒） 巴氏消毒是指将饮料或其他食物（如牛奶或啤酒）加热到一定温度并持续一段时间，以杀死可能导致疾病、变质或不需要的发酵微生物的过程。巴斯德消毒常用于回路消毒，即用80℃以上的热水循环1～2h。采用这一消毒手段的纯化水系统，其微生物污染水平通常能有效地控制在低于50CFU/ml的水平。由于巴氏消毒能有效地控制系统的内源性微生物污染，一个前处理能力较好的水系统，细菌内毒素则可控制在5EU/ml的水平。

（2）臭氧消毒 目前在高纯水系统中能连续去除细菌和病毒的最好方法是用臭氧。使用臭氧消毒并在用水点前安装紫外灯减少臭氧残留，是制药用水系统，尤其是纯化水系统消毒的常用方法之一。

（3）紫外线消毒 波长在200～300nm之间的紫外线有灭菌作用，其灭菌效果因波长而异，其中以254～257nm波段灭菌效果最好。紫外线杀菌器的安装位置一般离使用点越近越好，但也应留有从一端装进或抽出石英套管和更换灯管的操作空间。由于被杀死的细菌尸体污染纯水，因此要在紫外杀菌器后面安装过滤器，一般要求滤膜孔径≤0.45μm。