对于洁净室的清洁、消毒工作也是对洁净室微生物环境控制的主要手段。所以需要建立整套完整的清洁、消毒方案，而在建立总的方案之前，必须选择好合适的消毒剂。对化学消毒剂的选择必须建立在充分的理由基础之上，这要求除了进行实验室试验研究之外还要进行包括在位模拟现场在内的试验。虽然消毒剂的选择对环境控制方案的成功与否非常重要，但是所采用的技术和使用频率对消毒剂的功效也有很大的影响，所以应该将影响环境控制方案的所有因素视为一个整体。

（1）使用工具

①无绒抹布或海绵。用于擦拭实验台、墙壁以及其它硬表面，这需要由聚酯材料或其它合适的有吸附能力的抗各种化学试剂的材料制成。在有些情况下使用浸湿的抹布（例如经酒精浸湿过的抹布）较为合适。

②无绒、只产生较少量颗粒的普通拖把或海绵拖把。用于清洁地板和墙壁。由聚酯材料或其它合适的有吸附能力的抗各种化学试剂的材料制成。在不使用时应将拖把竖直放置。

③各种容器。要求耐高压蒸汽而且制作精良。

（2）使用要点

所有的清洁操作都应该由最干净的地方向最脏的地方推进。高效空气过滤器的方向（竖直或水平）决定了洁净操作的流程。例如一个纵向的洁净室，应该严格按照从天花板向地板，然后再向外推进的方式进行清洁、消毒。

在进行清洁操作时应该采用双桶法以保持消毒清洗液的完整性，使用该方法还可以使表面污物的再沉淀降至最少。双桶法可以是两个桶都装消毒液，也可以是一个桶装消毒液而另外一个桶装处理过的工艺用水。双桶法的原理是只用一个桶清洗拖把和抹布以保持另一个桶内清洗液的完整性。第一个桶内的消毒液只用作将拖把再次湿润以便进行下一步的清洗操作。

为了使消毒剂清洁工的工作效率更高、更安全、符合要求，所有的标签应该注明其安全性、使用方法和废弃处理方法。

（3）消毒剂的轮换使用方法

经验表明，随着消毒剂使用时间的延长，微生物会对该消毒剂产生抗性，这对于经常使用消毒剂的环境（例如洁净室）尤其明显。经验还表明，轮流使用酚类消毒剂会减少微生物抗性的积累。有关碱性和酸性酚消毒剂的使用有两项研究，研究的结论支持人们普遍认可的经验——在消毒操作中轮换使用化学性质相容的消毒剂，对防止微生物抗性的产生是必需的，即使是受生物膜保护的微生物也是如此。

当确定在某一环境控制计划所使用消毒剂时，应该根据消毒剂之间的相容性建立一个轮换使用的时间表。使用化学性质上不相溶性的消毒剂可导致不溶性残渣的产生，这些残渣会在硬表面上形成一层黏膜或覆膜。使用化学性质上不相溶性的消毒剂甚至会导致消毒剂本身失活。例如，氯化季铵不能和酚类消毒剂轮换使用，除非在轮换消毒之前增加彻底的清洁和水洗步骤，这主要是因为这两种成分的化学性质不相容性。氯化季铵在自然条件下是带有正电荷，酚化物在自然条件下带有负电荷，由于离子电荷性质不同，二者相遇会形成不能溶解的残渣。

消毒剂的交替轮流频率的确定涉及方便性及环境监测的结果。许多设施每月轮换一次效果很好，而有些每周轮换一次能更好地满足需要。在所附标签上列出选择产品的一般建议、应用的设备和在几种类型受控环境中使用的频率。这些建议仅仅是在共同实践的基础上得出的指导方针，并不意味着代替现有的有效方案。每一个设备都应设计和实施一个保持自己洁净室和其它受控环境整体性的有效方案。