制药工程是应用生化反应或化学合成、各种分离单元操作以及药物制剂技术，实现药物工业化生产的工程技术，包括:生物制药、化学制药、中药制药。制药工程设计包括:化学原料药、生物药、中成药、药物制剂、药用包装材料等项目的工艺设计，其工艺设计类型包括:合成制药工艺、生物制药工艺、中成药工艺、制剂工艺设计。

制药工程设计的具体工作是设计一个新的制药厂，包括生产与辅助设施，或对已有的工厂进行扩建、改建。工程设计一般包括总体设计和局部设计。凡是设计范围涉及整个工厂的称总体设计。如某抗生素厂的总体设计有总平面、工艺、公用工程、土建等设计以及有关可行性研究、厂址选择、经济概算等。凡是设计的范围不涉及整个工厂的全部内容，而只涉及其中的一部分的，称局部设计。

车间工艺设计是制药厂工程设计的主导设计，药厂的基本建设项目和技术改造项目都涉及车间工艺设计问题，是一项综合性很强的工作，是由工艺设计和非工艺设计（包括土建、设备、安装、采暖通风、电气、给排水、动力、自控、概预算、经济分析等）所组成。其中工艺设计是主导设计，它起着贯穿全过程并且组织协调各专业设计的作用，但仅有工艺设计是不可能完成制药厂全部工程设计工作的。

生物制药生产车间工艺设计不仅要具备一般药厂设计知识，如生产工艺流程设计、工艺设备布置设计、管道设计理论、制药过程与原理、药物制剂生产工艺、药品生产质量管理规范、化学工程、药物分离与纯化技术等，还要具有生物制药工艺设计的专门知识，如发酵工程、生化工程、基因工程、酶工程、细胞工程、蛋白质工程、抗体工程和生物催化反应器等，努力做到设计上规范、技术上先进、经济上合理。

作为医药企业从事工艺生产的技术人员需要了解设计程序和标准规范，并具有丰富的社会实践和专业知识，才能提供必要的设计条件和设计基础资料，协同设计单位完成符合标准规范要求并满足药品生产要求的设计工作。